8. Druhý stupeň znovuzrození nastává, když člověk začíná rozlišovat mezi tím, co pochází od něho (jeho vlastní myšlenky a přání) a tím, co pochází od Pána. To, co člověk dostal od Pána, je v Bibli označováno slovy zbytky, pozůstatky či prostě něco, co zůstane, co zbylo. Těmito termíny (latinsky: reliquiae) jsou myšleny základy duchovního života. Jsou to pravdy (tj. vědomosti související s vírou čili náboženské vědomosti) a dobra (tj. všechny pozitivní a příjemné prožitky související např. s láskou k rodičům a dalším blízkým lidem, se soucitem s trpícími atd.), jež člověk získává většinou v dětství. Ukládají se v člověkově nitru a nijak se neprojevují, dokud člověk nevstoupí do procesu znovuzrození (viz č. 561).

V současné době k druhému stupni duchovního vývoje dojde většina lidí jenom prostřednictvím pokušení, neštěstí nebo zármutku, díky kterým jsou tělesné a světské záležitosti přivedeny do stavu klidu, téměř jako by odumřely. Tímto způsobem se odděluje to, co patří k vnějšímu člověku od toho, co patří k člověku vnitřnímu. Ve vnitřním člověku tedy Pán ukládá základy duchovního života, které zde čekají na tuto chvíli a pro tento účel - nástup druhého stupně znovuzrození.

124. Moudrost, porozumění, rozum a vědomosti nemají původ v člověku, ale v Pánu. Je to naprosto zřejmé z toho, co Pán učil - jak se např. píše v Matoušově evangeliu. Tam je Pán přirovnáván k hospodáři, který vysadil vinici, postavil kolem ní plot a pronajal ji (viz Matouš 21:33). Též v Janově evangeliu:

„Jakmile však přijde on, Duch pravdy, uvede vás do veškeré pravdy, neboť nebude mluvit sám ze sebe, ale bude mluvit, co uslyší. A oznámí vám, co má přijít. On mě oslaví, neboť vám bude zvěstovat, co přijme ode mne.“ (Jan 16:13-14)

„Člověk nemůže přijmout nic, není-li mu to dáno z nebe.“ (Jan 3:27)

Každý, komu jsou známa alespoň některá tajemství nebe, ví, že je to pravda.